(1)下生殖泌尿系統感染：子宮頸炎、尿道炎。

 

　　(2)上生殖泌尿系統感染：子宮內膜炎、輸卵管炎、盆腔炎。生殖器官的感染可引發各種合并癥而造成宮外孕和不孕癥。

 

　　近幾年來，在子宮頸癌的研究中也發現有衣原體扮演著重要角色。產科方面如果母親在懷孕當中發現有衣原體在子宮頸中，胎兒于分娩時節可能受到感染而引發眼結膜炎和肺炎。衣原體感染發生在婦產科病人的機會于不同的地方差異很大。沒有癥狀的普通婦女發現其帶菌者為0.5%—8%。衣原體感染所引起的癥狀和其他細菌所引起相同疾病的癥狀比較起來較輕微，例如子宮頸炎。很多病人除了分泌物較多、顏色較濃以外并無其他不適。盆腔炎引發的腹膜炎疼痛也不明顯。雖然此菌所引起的癥狀較輕但所造成的后遺癥還是很嚴重的。診斷方法在實驗室方面有血液檢查、涂片檢查，以檢查是否有抗體存在，如果有的話可以確定病人曾有過衣原體感染，但無法確定現在是否感染。組織培養是一種準確的診斷方法，但需要特別的設備。衣原體感染在婦產科的疾病當中占有相當重要的地位，也是很普遍的疾病，甚至可以說是最普遍的性傳染疾病。所以在一般的婦科檢查時，如果發現泌尿生殖系統有感染時，應將衣原體檢查列為檢查的項目之一。