鸚鵡熱衣原體可通過感染有該種衣原體的禽類，如鸚鵡、孔雀、雞、鴨、鴿等的組織、血液和糞便，以接觸和吸入的方式感染給人類。沙眼衣原體和肺炎衣原體主要在人類之間以呼吸道飛沫、母嬰接觸和性接觸等方式傳播。