肛瘺的病因主要是細菌感染。細菌以大腸桿菌、結核桿菌、變形桿菌為主。專家指出：細菌侵犯的部位是肛隱窩、肛門腺導管和肛門腺體。肛門腺感染、化膿，形成肛周膿腫，自然破潰；或經手術切開排膿后，膿腫壁由結締組織和肉芽組織增生、縮窄成管狀，外口縮小，內口繼續(xù)感染，不能自愈，即成肛瘺。膿腫破潰或切開引流后，常不能治愈。所以，積極及時的治療很有必要。
    除此之外，造成肛瘺的原因還有以下幾方面。
    1、肛瘺的原因之肛周膿腫是導致肛瘺的主要因素之一。肛腸專家指出：由于糞便滯留肛隱窩，引起肛腺炎，導致肛周膿腫，患者常不予以重視，肛周膿腫破潰后，膿液排出，膿腔逐漸縮小，外部破潰口和切口也縮小，腔壁形成結締組織增生的堅硬管道壁，即成瘺管，肛瘺由此形成。
    2、肛瘺的原因之結核桿菌、放線菌等感染所形成的膿腫，克隆氏病等難以自愈而形成特殊性肛瘺。
    3、肛瘺的原因之直腸肛門損傷、外傷。肛腸專家強調：來自消化道的骨性異物、金屬、肛表及肛門窺器檢查損傷肛管直腸，細菌侵入傷口即可引起肛周膿腫，不及時治療，都可導致肛瘺。 肛瘺久拖不治的危害 肛瘺久拖不治有多種危害。