提起年薪制，10余位接受采訪的企業老總和參與年薪制的企業經營者大多對年薪制持肯定的態度，但還是提出了各自企業推行年薪制存在的問題：
1．年薪制實施對象界定不清。
年薪制實施的對象是企業的經營者，但對于誰是企業的經營者卻存在不同的認識和理解。有的認為是企業法人代表一人，有的認為包括董事長和總經理，還有的認為企業經營者除董事長和總經理外，還包括企業副職、黨委書記、工會主席等等。認識不同，目前年薪制的實施對象也各不相同，有的企業將它定為“主要經營者及其經營班子”。有些企業甚至連團委書記也加盟。
現在不少企業經營班子人員過多，存在許多閑職，年薪制范圍的擴大極易形成“有肉大家吃”的平均主義，形成企業高層管理者到中層管理者再到基層管理者的攀比效應，效益沒上，工資卻不斷增長，年薪制成了“高薪制”，加大了企業的負擔。而真正的企業經營者，由于收入與其他人員未能合理拉開，年薪制也就起不到應有的激勵效果。
2．總體水平偏低，激勵力度不夠。目前年薪制的試行辦法中均明確規定經營者年薪收入為職工平均工資的若干倍數，執行中以3—5倍居多。此規定限制了經營者年薪收入的總體水平。有抽樣調查顯示，很多企業經營者年薪制收入還不如承包制收入，有的企業經營者收入還不如部分職工高。
3．企業之間的差距過小。從年薪制的政策規定上看，經營者年薪收入與企業規模大小、效益好壞、行業狀況的相關性較小，“大經理”與“小經理”的年薪收入相差無幾，“大鍋飯”問題仍然存在。
4．企業經營者有畏難情緒。企業試行年薪制的比例過小，造成年薪制推廣步履維艱的一個重要原因是經營者自身存在一定的畏難情緒。
5．激勵形式比較單一。除了年薪制外的其它一些激勵手段，如退休金計劃、醫療保險、職務補貼沒有真正成為激勵手段。
6．政府為經營者制定年薪收入標準弊多利少。據了解，目前企業經營者年薪標準一般都由政府規定。為防止經營者年薪收入與職工收入差距過大，政府在年薪制試點辦法中規定了年薪的上限。勞動部明文規定企業經營者年薪收入最高不得超過企業職工平均工資的4倍，地方也對經營者年薪的上限作了規定。由政府確定年薪收入并規定上限的做法，仍然帶有計劃經濟時的行政管理印記，與現代股份制企業的運行相矛盾。過多地考慮經營者收入與職工收入的差距，過分強調經營者年薪收入與職工平均工資相掛鉤，仍把企業職工工資水平作為標桿，極易造成“水漲船高”的效應，經營者會極力提高職工工資。
