非淋菌性尿道炎雖然癥狀較淋病輕，但危害比淋病重。由于癥狀較輕，很多患者失去了治療的最佳時期，從而使治療非常困難，本病尤其在女性中癥狀極其輕微，而女性感染者由于癥狀輕微往往不予治療，增加了本病傳播的機會。本病除引起尿道炎外，在女性約一半以上的患者有合并癥，如子宮內膜炎、輸卵管炎、宮外孕、不育癥和流產。