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現代化離不開創新，而創新則離不開制度保障。盡管人們時常抱怨中國的科研經費投入不足，但事實上，目前全國的研發投入總額已躍居世界第六位。中國也已經有科技人才3200萬，具有研發能力的科技人才105萬。但是，目前的自主創新狀態似乎并不讓人滿意。原因恐怕在于，科技存在體制的障礙。而建設創新型國家，就需要深
化科技體制改革，形成一種鼓勵創新的機制。
事實上，自上世紀80年代以來，政府一直對計劃經濟時代形成的科技體制進行改革，從1999年開始，這一改革全面展開。近20年來，有1000多家開發類科研機構先后進入市場，產業化能力大幅度增強；社會公益科研機構分類改革基本到位，創新能力逐步提高；企業、高校和地方科技力量明顯增強，在一定程度上改變了產業與科研相分離的局面。
但是，科技發展中的一些障礙尚未從根本上解決。這其中包括科技管理體制的行政化。從最上游的基礎研究如973計劃到863高技術發展計劃，到下游的“星火計劃”，政府通過對項目經費的分配，掌握著重要的科研與技術開發項目的方向。這種科技體制固然具有一定優勢，但也存在不少問題，即科研活動在很大程度上由行政人員控制，科研人員的創造力受到抑制。
而大量市場開發項目，不在市場中的審批人員難以預料市場需求。于是，不少項目是為創新而創新，缺乏與市場銜接的渠道。這樣的項目耗費大量寶貴資金，卻難以產生較大的經濟與社會效益。
因此，深化科技體制改革，必須重新定位行政部門在科學研究與技術開發中的職能。胡錦濤在全國科技大會的講話中明確指出：“要建立競爭機制，堅持國家科技計劃對全社會開放，支持和鼓勵國內有條件的各類機構平等參與承擔國家重大計劃和項目，為全社會積極創新創造良好條件�！�
由此，國家的基本職能就是搭建鼓勵創新的機制和平臺，在基礎研究領域，通過建構良好的科研院所體制，保障科研人員的學術自由；在技術開發領域，保護知識產權，激勵企業的技術創新。至于具體的科研與開發項目，則可以讓大學、企業、自主的研發機構自行決定。為此，建議政府尋求更為靈活的公共科研經費分配機制，強化其專業色彩和社會色彩。
當然，有關政府部門可以針對國防等方面的需要組織重大技術攻關。不過，即便是這類技術創新活動，其主體也同樣應該是企業。十一五規劃建議已經明確提出：“建立以企業為主體、市場為導向、產學研相結合的技術創新體系，形成自主創新的基本體制架構。”這不僅是市場體制的需要，也被各國的實踐證明是最有效率的。
最近十幾年來，韓國科技創新在海外獲得的專利數量居世界第十位，企業研究人員每千人注冊的專利數量居世界第一位。而韓國在實用技術創新方面成功的秘訣就是，企業充當著技術創新的主力軍。2004年，企業研發投入在全國研發總投入中所占的比例高達75％。正因為企業是創新的主體，所以，有統計說，韓國將新技術轉化為生產力的周期是世界上最短的。因為，大多數開發項目本來就是瞄準市場需求而進行，其成果自然隨時隨地實現產業化、商品化。
對我國來說，要讓企業成為技術創新的主體，同樣需要政府部門轉變觀念。比如，在分配公共技術開發經費時，對國有企業與非公企業一視同仁。只要政府部門重新定位了自己的角色，致力于為科學研究和技術創新活動創造合適的制度框架，則自主的學術機構和市場化的企業，就會令中國更快成長為創新型國家。
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